厦门市疾病预防控制中心是在原厦门市卫生防疫站的基础上于 2003 年 7 月组建而成，是全市疾病预防与控制的技术指导中心和技术咨询、服务机构，是政府实施疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等职能的公益性事业单位。
中心编制数 118 人，设有 3 个职能科室和 10 个业务科室，有办公和实验场所 18000 平方米 ，拥有核酸测序仪、 PCR 仪、 ICP-MS 、液质色谱仪、气质联用仪等一批先进仪器设备，具有较强的检测能力。 1998 年通过省级计量认证， 2001 年取得 HIV 抗体初筛中心实验室资格，2002 年通过国家实验室认可； 2004 年被评为福建省唯一的“非典”检验平行实验室； 2006 年通过国家 HIV 确认实验室现场评审。中心还是福建医科大学和厦门大学医学院预防医学专业的教学基地。
中心先后获得“全国卫生防疫防病先进集体”、“全国乙肝疫苗接种先进单位”、“全省碘缺乏病防治工作先进单位”、“全国消灭脊髓灰质炎工作先进集体”、“全国结核病防治先进单位”和“厦门市防治非典工作先进集体”等荣誉称号。 2003-2005 连续三年获市直机关 “文明单位”称号， 2006 年被市政府评为市级文明单位。
2020年11月，被授予“福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。
2020年11月，厦门市疾病预防控制中心党委被授予“福建省先进基层党组织”荣誉称号。